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1、技術(shù)介紹
10X Genomics GemCode?技術(shù)平臺全新升級，推出了最新的Chromium?系統(tǒng)。利用上千萬獨特的DNA序列標記的GEMs，Chromium系統(tǒng)可揭示重要的基因組信息。
應(yīng)用方向：
· 基因組測序：可提供超長片段的全基因組信息，進行突變檢出、單倍體分型和基因組結(jié)構(gòu)鑒定。能夠揭示遺傳性疾病關(guān)鍵的變異，并發(fā)現(xiàn)與癌癥相關(guān)的關(guān)鍵改變。
· 靶向測序：可提供長片段基因信息進行單倍體分型、結(jié)構(gòu)變異檢測和拷貝數(shù)測定?？傻玫蕉套x長測序無法獲得的基因組復(fù)雜區(qū)域和重復(fù)區(qū)域信息。
· 單細胞測序：利用Chromium Single Cell 3, ，在細胞水平進行高通量數(shù)字化基因表達譜分析，可對復(fù)雜細胞群進行深入分析。追蹤單個細胞的表達譜，避免單個細胞的生物學(xué)相關(guān)信號被大量細胞的平均化測定掩蓋。
· 從頭組裝：利用Supernova? Assembler系統(tǒng)可發(fā)現(xiàn)真實的基因組信息，并且成本低，質(zhì)量高。不需要任何類型的參考序列，即可揭示樣本特異性序列，研究二倍體基因組結(jié)構(gòu)。
2、技術(shù)路線
3、數(shù)據(jù)分析
關(guān)于Chromium? 軟件：
1. 大片段基因組和外顯子組
Long Ranger ?分析流程：利用DNA序列標記（barcode）生成的特殊數(shù)據(jù)類型稱為Linked-Reads。Long Ranger ?分析流程中基于Linked-Reads的新算法分析內(nèi)容包括：
· barcode的識別校準
· Mbp水平的單倍體分型
· 結(jié)構(gòu)突變檢測和單倍體分型
· 更準確的SNP和InDel檢測
基于常用的比對和變異檢測工具，如BWA、GATK和Freebayes，Long Ranger ?分析流程利用Chromium體系的barcode信息能夠進行單倍體分型和結(jié)構(gòu)變異檢測。
2. 從頭組裝
Supernova? 組裝：Chromium系統(tǒng)可每天組裝一個二倍體基因組，并且成本較低。Supernova Assembler組裝程序利用Linked-Read數(shù)據(jù)唯一的屬性可重構(gòu)正在研究的基因組，而不需要參考基因組。
Supernova Assembler利用Linked-Read數(shù)據(jù)來重建一個二倍體基因組，解析特定的樣本序列并且不需要任何類型的參考序列。
3. 單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)
Cell Ranger? 分析流程：成套分析單細胞基因表達測序數(shù)據(jù)。結(jié)合轉(zhuǎn)錄組比對數(shù)據(jù)和標示細胞的barcode信息，Cell Ranger 分析流程快速產(chǎn)生的表達數(shù)據(jù)能夠闡明：
· 復(fù)雜原代細胞群
· 癌癥腫瘤的細胞異質(zhì)性
· 細胞周期
從預(yù)構(gòu)建的或用戶提供的轉(zhuǎn)錄組開始，Cell Ranger 通過處理標示細胞的barcode信息，一次性可對成千上萬細胞的基因表達譜進行分析。
4. 開源性信息分析
Martian? 技術(shù)：Chromium軟件是基于一個強大的，開源的被稱為Martian的信息平臺建立的。Martian語言特點是用簡潔的語法定義復(fù)雜的分析流程。基于微容器設(shè)計的輕量級的運行時間是對高通量NGS分析的性能優(yōu)化，同時也包括優(yōu)化的強大數(shù)據(jù)處理能力。
Martian語言由一個檢查編譯器、可視化IDE、調(diào)試和分析工具來輔助。Martian的運行時為分析流程的可組合性、平行化和參數(shù)掃描提供內(nèi)置支持。